Příprava PGT partner

Test hrazený ze ZP:
ANO
Indikující odbornost:
208
Test bez úhrady ZP:
ANO
Pohlaví:
Žena/Muž
Materiál:
Periferní krev, Bukální stěr
Doba vyšetření:
4 týdny
STATIM:
2 týdny

Materiál:

Periferní krev | 1x 3 ml plné krve v K3 EDTA zkumavce
Skladování po vyšetření: týden po vydání zprávy 2 – 8°C
Bukální stěr | 2x stěrová tyčinka pro odběr bukálního stěru
Skladování po vyšetření: týden po vydání zprávy 2 – 8°C
Izolovaná DNA z krve | 10-100 ng/μL izolované DNA z krve v PCR zkumavce o objemu min. 15 µl.
Skladování po vyšetření: skladuje se v archivu DNA bez omezení 15°C
Izolovaná DNA ze choriových klků | 30-100ng/μL izolované DNA z choriových klků v mikrozkumavce (typ Eppendorf)
Skladování po vyšetření: skladuje se v archivu DNA bez omezení 15°C
Izolovaná DNA z plodové vody | 30-100ng/μL izolované DNA z amniocentézy v mikrozkumavce (typ Eppendorf)
Skladování po vyšetření: skladuje se v archivu DNA bez omezení 15°C
Izolovaná DNA z kordocentézy | 30-100ng/μL izolované DNA z kordocentézy v mikrozkumavce (typ Eppendorf)
Skladování po vyšetření: skladuje se v archivu DNA bez omezení 15°C
Izolovaná DNA produktu koncepce | 50-100ng/μL v mikrozkumavce (typ Eppendorf)
Skladování po vyšetření: skladuje se v archivu DNA bez omezení 15°C

Rychlý popis testu:

Vyšetření DNA partnera pacientky metodou karyomapping (SNP array) za účelem stanovení rodičovského původu úseků chromozomů u vyšetřovaných embryí a k případné detekci různých typů genetických poruch, včetně monogenních.

Detailní informace o testu:

K provedení PGT metodou karyomapping je vždy potřeba zařadit k vyšetření vzorky dalších příbuzných (včetně partnera) získané izolací DNA z vhodného primárního materiálu, kterým je v ideálním případě periferní krev. Vyšetření pak probíhá analýzou DNA pacientky a příbuzných spolu s amplifikovanou DNA embryí s využitím technologie SNP array. Pomocí detekce fluorescence na speciálním čipu je možné stanovit nukleotidové složení a tím i genotyp u jednotlivých značek (SNP) na přesně definovaných pozicích v genomu člověka. K analýze se využívá přibližně 700 000 SNP rovnoměrně pokrývajících všechny chromozomy a celý genom. Vyhodnocením intenzity fluorescence ve dvou kanálech u všech SNP na čipu se získá informace o genotypu a vzájemném poměru alel v rámci jednotlivých SNP i celého genomu. SNP alely jsou přenášeny z rodičů na potomstvo na principu medelistické dědičnosti. V poslední fázi jsou získaná SNP data digitálně vyhodnocena sérií aplikací s cílem získat informativní SNP markery vhodné k určení genotypu embrya ve vyšetřovaném genu.

Genotypizace embryí probíhá metodou nepřímé genetické diagnostiky, kdy se místo samotné mutace vyšetřují SNP markery, které jsou s ní ve vazbě (na jednom vlákně DNA). Sestavu všech SNP markerů ve vazbě s mutantní, nebo normální alelou nazýváme haplotyp. K určení haplotypu slouží takové SNP markery, které jsou vyhodnoceny jako informativní v rámci společné SNP analýzy tria vzorků – pacientka, partner a příbuzný. Základním předpokladem pro správné určení haplotypu ve vazbě s mutantní, nebo normální alelou je správně určený genotyp jedince na základě předchozího genetického vyšetření a znalost příbuzenský vztahů v rámci tria. Spolehlivost genotypizace embryí závisí na kvalitě a spolehlivosti informací využitých pro vazebnou analýzu. Spolu se vzorkem příbuzného je třeba k vyšetření dodat kvalitní a spolehlivé zprávy o výsledku genetického vyšetření z akreditované laboratoře. Pokud taková zpráva není k dispozici, je nutné k určení genotypu příbuzného indikovat vhodné prediktivní vyšetření. V případě neinformativního výsledku vazebné analýzy u tria je možné pro určení haplotypů využít vzorek DNA jiného příbuzného, nebo provést přímou detekci mutace u amplifikované DNA z embryí v rámci PGT-M.