Prediktivní testování - partner je nositel mutace genu z CarrierTestu (vč. kompatibility páru)
Materiál:
Rychlý popis testu:
Kdy tento test použít: Partner je již známý nositel mutace genu zjištěné v naší laboratoři CarrierTestem, proto je u pacienta indikováno vyšetření všech mutací daného genu, které se provede také metodou CarrierTest a bude provedena i kompatibilita obou partnerů.
Detailní informace o testu:
Metodou sekvenování nové generace (NGS) je cíleně CarrierTestem vyšetřeno přenašečství mutací genů, které mohou ovlivnit zdravotní stav přenašečů a jejich potomstva (aktuální seznam vyšetřovaných chorob a analyzovaných variant naleznete v PDF níže a také na www.gennet.cz/carriertest). U pacientů mužského pohlaví je součástí vyšetření i detekce mikrodelece AZF (azoospermia factors) na chromozomu Y- lokusy AZFa, AZFb, AZFc a SRY, ale ve zprávě je tento výsledek komentován pouze v případě nálezu mikrodelece.
Rizika pro vyšetřované osoby a jejich potomstvo (míra genetické kompatibility páru) je posuzována ve třech oblastech:
I. Přenašečství mutací genů spojených se závažnými recesivními chorobami. U genů CFTR, SMN1 a GJB2 jsou reportovány pozitivní i negativní výsledky. U ostatních vyšetřovaných genů jsou reportovány pouze pozitivní nálezy.
II. Mutace panelu genů vrozených dispozic ke zvýšenému riziku srážlivosti krve (trombofilní profil).
III. Odezva na hormonální léčbu neplodnosti (polymorfismus genu pro FSH receptor).
Použitá metoda:
Výsledky jsou získány metodou masivně paralelního sekvenování exomu (WES, >40Mbp) na platformě Illumina NovaSeq Xplus za použití virtuálního panelu CarrierTest aktuální verze. Získaná data jsou analyzována vlastním vyvinutým bioinformatickým hodnocením, které zahrnuje mapování k referenční sekvenci genomu GRCh38, variant calling, anotaci aktuální verzí Ensembl a filtraci cílových variant dle aktuální verze panelu. Každý z výše uvedených kroků je doplněn kontrolou kvality. Pro vnitřní kontrolu identifikace vzorků a konfirmaci klíčových, či problematických variant jsou použity komplementární metody: fragmentační analýza (SOP-MGL-004), MLPA (SOP-MGL-020), Sangerovo sekvenování (SOP-MGL-030), PCR-hybridizační strip assay (SOP-MGL-031).
Upozornění:
CarrierTest je screeningovou metodou detekující vybrané patogenní varianty class 4/5 vyšetřovaných genů (aktuální seznam vyšetřovaných variant a chorob viz PDF soubory níže). Hodnocení patogenicity nalezených variant odpovídá současným dostupným klinickým a vědeckým informacím a může být v budoucnu upřesněno nebo/ změněno dle nově dostupných skutečností a zjištění. Technické parametry použité metody nezaručují 100% pokrytí všech cílených oblastí genomu. Analytická senzitivita testu může být snížena v oblastech homologních s pseudogenními sekvencemi (např. geny CYP21A2, GBA, CBS), v repetitivních oblastech a regionech s vysokým zastoupením GC bází. Negativní výsledek nevylučuje možnost vzniku de novo mutace u potomků probanda. Detekce germinálního či somatického mozaicismu je touto metodou umožněna jen v omezené míře. Nemůžeme vyloučit mutace v jiných (nepokrytých, neanalyzovaných, či nehodnocených) genech a změny, které nelze za současné úrovně poznání a technických možností odhalit. Veškerá příprava a zpracování vyšetřovaného materiálu vzorku je založena na nejvyšších a aktuálních vědeckých i analytických standardech. Nicméně, stejně jako u jakéhokoliv jiného laboratorního testu, nelze vyloučit možnou nepřesnost výsledku z procedurálních důvodů (např. chybu při odběru, značení a zpracování vzorku, nebo při sběru a interpretaci dat). Uvedená reziduální rizika přenašečství a rizika narození postiženého potomka daným onemocněním jsou odhadem založeným na dostupných informacích o frekvenci vyšetřovaných variant v rámci české populace, resp. slovanského etnika. Reziduální rizika se mohou lišit v případě, kdy jsou jeden či oba partneři jiného etnika. Tato diagnostická metoda byla vyvinuta a validována společností GENNET s.r.o. a akreditována ČIA dle normy ČSN EN ISO 15189:2013.
